Detection of vkorc1 polymorphism: comparison of polymerase chain reaction/restriction fragment length polymorphism (pcr + rflp) with allele–specific polymerase chain reaction :

Špela Stangler Herodež; Nastja  Stankovič; Boris Zagradišnik; Alenka  Erjavec Škerget; Nadja Kokalj Vokač

doi:10.18690/actabiomed.91

Špela Stangler Herodež Univerzitetni klinični center Maribor, Laboratorij za medicinsko genetiko ; Univerza v Mariboru, Medicinska fakulteta, Katedra za molekularno biologijo
Nastja Stankovič Univerza v Mariboru, Fakulteta za kemijo in kemijsko tehnologijo
Boris Zagradišnik Univerzitetni klinični center Maribor, Laboratorij za medicinsko genetiko
Alenka Erjavec Škerget Univerzitetni klinični center Maribor, Laboratorij za medicinsko genetiko ; University of Maribor, Faculty of Medicine, Department of Molecular biology
Nadja Kokalj Vokač Univerzitetni klinični center Maribor, Laboratorij za medicinsko genetiko ; Univerza v Mariboru, Medicinska fakulteta, Katedra za molekularno biologijo

DOI: https://doi.org/10.18690/actabiomed.91

Povzetek

Namen: VKORC1 polimorfizem je pomemben genetski dejavnik, ki vpliva na zahtevan odmerek varfarina pri bolnikih, ki potrebujejo različne odmerke varfarina za doseganje antikoagulacijskega terapevtskega učinka. Cilj naše raziskave je bil na vzorcu splošne populacije ugotoviti frekvenco enonukleotidnega polimorfizma (SNP) v VKORC1 genu na preprost, hiter in ekonomičen način.

Metode: Za genotipizacijo smo uporabili metodo verižne reakcije s polimerazo oz. polimorfizem dolžin restrikcijskih fragmentov (PCR/RFLP), ki smo jo primerjali z metodo alelno specifične verižne reakcije s polimerazo. Genotipizirali smo 441 vzorcev genomske DNA preiskovancev iz severovzhodne Slovenije. Ocenili smo, ali je izbrana skupina v Hardy–Weinbergovem ravnovesju, ter izračunali posamezne genotipe in frekvenco alelov.

Rezultati: Rezultati, pridobljeni z alelno specifično verižno reakcijo s polimerazo, so se popolnoma ujemali z rezultati, pridobljenimi z metodo PCR/RFLP. Frekvenca alela G (0,62) je višja kot frekvenca alela A (0,38) v testirani skupini iz severovzhodne Slovenije.

Zaključek: Izkazalo se je, da PCR/RFLP metoda vključuje dodatne korake na račun časa analize, porabe reagentov in opreme. Na podlagi rezultatov zaključujemo, da alelno specifična verižna reakcija s polimerazo omogoča odkrivanje SNP v VKORC1 genu na bolj enostaven, hitrejši in cenovno bolj sprejemljiv način.

Prenosi

Biografije avtorja

Špela Stangler Herodež, Univerzitetni klinični center Maribor, Laboratorij za medicinsko genetiko ; Univerza v Mariboru, Medicinska fakulteta, Katedra za molekularno biologijo

Maribor, Slovenija.

Nastja Stankovič, Univerza v Mariboru, Fakulteta za kemijo in kemijsko tehnologijo

Maribor, Slovenija.

Boris Zagradišnik, Univerzitetni klinični center Maribor, Laboratorij za medicinsko genetiko

Maribor, Slovenija.

Alenka Erjavec Škerget, Univerzitetni klinični center Maribor, Laboratorij za medicinsko genetiko ; University of Maribor, Faculty of Medicine, Department of Molecular biology

Maribor, Slovenija. E-pošta: alenka.erjavec@ukc–mb.si

Nadja Kokalj Vokač, Univerzitetni klinični center Maribor, Laboratorij za medicinsko genetiko ; Univerza v Mariboru, Medicinska fakulteta, Katedra za molekularno biologijo

Maribor, Slovenija.

Detection of vkorc1 polymorphism: comparison of polymerase chain reaction/restriction fragment length polymorphism (pcr + rflp) with allele–specific polymerase chain reaction

Ugotavljanje VKORC1 polimorfizma: Primerjava metod verižne reakcije s polimerazo/ polimorfizma dolžin restrikcijskih fragmentov (PCR + RFLP) z alelno specifično verižno reakcijo s polimerazo

Povzetek

Prenosi

Biografije avtorja